晶体结构解析、作图及投稿常见问答

晶体结构解析、作图及投稿常见问答　（一）[url=]

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转自晶体学论坛

1．我要固定占有率，但是FVAR 的第二个参数等是怎样得到的！！！

如果不修占位度，就在占位度数据前加1，例如：0.274 改为10.274。

FVAR 的第二个参数是表示您要修的占位的百分数，INS文件中用1，精修后的RES文件中就会变成实际的占位百分数，如Fe,Mg占据同一位置，如果这个数在RES文件中变为0.75就说明Fe占75％，Mg占25％。

您的意思是在ins文件FVAR的第二项加上1，然后进行重修，它就会自动变为实际值是吧！那么我要对氢原子进行同样的重修我也只要在第三个参数加上1就可以吗？谢谢！！

是这样的，但您要加EXYZ EADP 这两个指令，不过好像H原子一般不做占位度的修正吧，占位度的修正大多是重阳离子。

2．个别晶体录谱时完成率低于93％，你有否解决的办法？

有的晶体在高角度的衍射较弱，所以完成率低，也可以像有的网友的做法一样使用ACTA 2theta 命令来折中一下，2theta 对于Mo靶可以取到65，但不要太大(>70)

0 L% Z- l3 H6 e' C  h. s

ACTA 2theta 命令，是如何使用的？直接放在ins文件命令行还是在XP命令中使用？

3．请问，在XP中看图时，想知道当前投影图的观察方向，用Matr得到一个方向矩阵，如何把这个矩阵和晶面指标联系，统一起来。

matr 1　沿a 轴
* F6 q+ q/ b+ @6 E7 v9 X. J& Ematr 2　沿b轴
matr 3　沿c 轴

4．请问如何给配位水理论加氢

在SHELEXL中可以用HFIX指令来理论加氢。SP2杂化C加一个氢用参数163，SP2杂化C或N加一个氢用参数43，SP3杂化C或N加一个氢用参数93，SP3杂化C或N加两个氢用参数93，SP3杂化C加一个氢用参数13，SP3杂化C加两个氢用参数23，SP3杂化O加一个氢用参数147，SP3杂化O加一个氢键用参数83。具体用法请参见使用说明书。

您所说的HFIX加氢我试过了，但是可能是由于格式不对吧，提示运行错误．是用下面的格式吗？以给SP3杂化或N加一个氢为例：

HFIX　９３　N1

写在ins文件中？

其实我倒是有个简单的方法给N加H,先把N命名为C,给C加个H,然后把C再命名为N就是咯

试过了，对我这个东西不是很好使，不过应该是种方法。我的问题也解决了，受sundrew的启发也使用相似的方法骗了程序一把。看来有时候还是得用一些非常规的方法的。

先让它自然长出来，最后根据键长合键角选择2个氢，我都是这样做，应该没有问题

5．我初学晶体解析，也碰到completeness问题，但不知道acta 50是如何使用的？请指教！

你只要在INS文件中 在acta 命令后加50 边可,当然也可以别的数字如52,但是其具体如何影响 completeness 我也不太清楚,

在ins文件里改了，不起作用啊～

你改完以后重修一下，然后到cif文件力找到completeness那一项就会发现有变化了

50或52是指收集的角度2theta范围的限制，一般不小于50，否则被认为不和要求。

6．在解析过程中，发现76号和78号空间群均能解出结构，且R因子几乎一致，该选哪个好呢？

76 和78 的区别是滑移轴有一点不同。用Platon软件检查一下你的res文件。

这两个空间群是螺旋轴左旋P41和右旋P43的的问题，有时也就是手性问题，这需要用Friedel定律用HKL的正负强度统计来区别，但是有时对于Mo靶的X射线来说，区别是有困难的。您可以用其它物理方法来区别如旋光性等。

7．_refine_ls_number_parameters　　　　　 一般包括那些，如何计算？

如果您用SHELXTL来生成CIF文件的话，一般都会自动给出这个参数的。

我是用shelxtl生成的，参数也也有，不过我们这一个老师觉得计算值与报告值有差，不知道如何解释？

以CIF文件为准

8．在发文章时常会看到在一副图片下边有这样的东西：symmetry code -x, -y z+1之类的东西，我们改如何找呀，谢谢！！！

查国际表

我发现直接可以用diamond找到它的代码,在测量键长及键角那一栏就有. 用diamond将其打开，选中你想要知道的元素后，点击上面的带有!号的图标，就可以了

9．_diffrn_standards_number

_diffrn_standards_interval_count

指的是什么？

_diffrn_standards_number 用于监测衍射稳定性的标准衍射强度的点数_diffrn_standards_interval_count 监测衍射稳定性的标准衍射强度的记录数量

以上两项取决于仪器是否做这种标准监测。在四园衍射仪中由于测量时间较长，环境、电压等因素会对不同时间收的数据造成影响，所以要进行标准点的监测以便校正数据，但CCD则不做这种操作了。

10．最近写了一篇文章,在cif文件中有对称操作代码,其中有三个是别人给的,有 _geom_hbond_site_symmetry_A 一栏的代码.但是我自己找了俩个氢键,不知该如何找,我的晶体属于Monoclinic P2(1)/n. 最后俩个的对称代码我也知道,分别是(0.5+x,0.5-y,0.5+z)和(1.5-x,1.5+y,1.5-z)在cif文件中如何表示?

你可以用platon 软件计算一下氢键，它会给出你所有想要的，

或者让platon生成一个cif表，然后把你要的那一部分贴到你的文章上对应的那一部分，

命令是 tab acc，它会生成一个文件，你用写字板打开就行了。

在ins中写htab命令就可以吧？还有eqiv不就有了

谢谢！就直接写入ins文件，然后怎样操作，我对这是刚入门，不懂，在什么软件中进行，您能详细说一下吗？谢谢

你写两条就是了，我建议你看看说明书

Eqiv

Htab

11．请教一下，填写cif文件中的信息需要哪些的其他文件？*._Ls,*.abs分别可以提供什么信息，其他文件呢？

abs中有decay 的百分数，LS中有衍射点数，2theta最大，最小等

你可以用xcif生成一个.txt文件，就什么都有了

12．请问各位高手，应如何加氢，给化合物的溶剂水加氢以及分子骨架加氢。

方法有两种
; @( J4 V. w9 z2 p其一，残峰加氢，就是把q指人成H就是了，和一般原子的指认是一样的，只是在各项异性修正后。

其二，理论加氢，可以在xp里用hadd命令或者在ins文件里用hfix命令

13．在确定C的手性是，该如何操作

没有重原子，则不能定绝对构型

那溴算不算重原子,如果算,又该怎样操作?

大于Si，一般认为有重原子，在做吸收矫正时，可以选手性群，然后解出的CIF文件中有一项为FLACK值，对于此值有要求小于0.05，如果太大则需要REVERSE，符合要求则所见即所得。一般原料是手性的时，应特别注意。原料不是手性的时，应该是外消旋的混合物。

14．请教高手：如何计算点到面的距离？用xp如何计算点到面的垂直距离？或者用那些软件？谢谢了

XP 下用mpln 定义一个面，就自动产生其他原子与他的距离

如果是两个平行的平面，把最后的数一减就可以了

把最后的数一减就可以了'是什么意思，那如果二者有一点角度，又是如何算了，谢谢

其实出来的是两个归一化的平面方程（系数的平方和为一），两个平没如果是平行的，x,y,z的系数就是一样的。常数项相减就是面间距。

说问题就要说清楚了,归一化的平面方程是怎样算出来的？

人家给的方程就是归一化的，你不用算的，你试一试，观察一下就知道了。

15．请教诸位，ZERR值是否表示一个晶胞中所含的分子个数，在解结构的过程中，有时这个值是很大的，是否每次都需要人工改动，这个值如何计算？

一般先改为2或4，最后在改为正确的

代表独立区分子个数，不对时，CIF中原子个数和分子量则错

一般为2的N次方，对于3方6方晶系有3的整数倍

Z直要把结构解完,如果Z直与INS文件原子数不符,精修时,会提示的!在*.lst文件里会找到原子的个数,在根据占有率,确定Z!

16．su值的意义，这个值从哪里得到？

_refine_ls_shift/su_max　　　　　 0.001

_refine_ls_shift/su_mean　　　　　0.000

su值的意义为收敛，是算出来的，一般应小于0。005

17．请问如何计算俩个平面间的距离，或者俩个平面的中心间的距离。就是计算俩个有芳香堆积平面间的距离。不知用mercury能计算吗

在XP里面操作： cent /x atom1 atom2....这就定出了一个中心想X1a, 用同样的方法定出另外一个中心，这就很容易测了...

我觉得用Diamond可以，量一下位于平面内的两原子（两原子之间的连线垂直于平面）。

能找到位于平面内的两原子（两原子之间的连线垂直于平面），符合这样要求的两个原子好像不是很容易的吧？如果能找得到的话，Mercury也就能量了．

两个平面之间的距离是由两个平面的平面方程计算的，不是两个平面原子的距离，这两个平面方程可以由SHELEXS来计算或者用XP来计算。

18．我想将我的晶体结构作为最优化的构型进行理论计算，但存在着坐标转换的问题，请问采用什么坐标转换软件？

在XP命令提示符中键入orth就可以将晶休内坐标转化成直角坐标。

首先XP读入你的ins或res文件，再键入

fmol
$ |* a/ b7 w& ^' Qorth c.txt
再退出，直角坐标就存到c.txt文件中了

19．在lst文件中出现may be split into …….. and ………时，如何解决？谢谢！

DISORDER 的问题，可以计算占有率。

按照Lst文件里面的建议，在RES里把该原子分成两个（比如S1和S1')，其坐标就用文件里建议的.建议先固定占位率，比如原始的值为0.5，你可以给分开的两个原子分别设为0.25，固定住(10位加1）。refine一下，看看结果，再考虑放开。

20．在解晶体结构时，比方说一个化学式ABO4的单晶，那它解出来的3D结构是不是也只有一个A原子,一个B原子，4个O原子。一般不会是(ABO4)2的形式？

独立原子坐标的个数与分子式中的比例不一定是相同的，这与原子的对称位置有关（即等效点系位置），但一个分子的总的原子个数一定与分子式中的原子是相同的。一个晶胞中的原子数则是分子式中最简的数量乘与Z值的结果。

那怎么得知准确的Z值呢？用XShell解结构时默认的Z值是不是可以了...

Z值是根据物质的比重和分子式计算出来的，它的计算公式是Z=V*P/1.66*10E(-24)*M。V是晶胞体积，p是比重，1.66×10E(-24)是阿弗加德罗常数，M是分子量。当然了，一般情况下估算一下就可以了，比如说(ABO4)2，Z值就是2，如果估算有误，在最后结构解出后再来调整也可以。Z值是指一个晶胞中化学式的“分子”的数目，它一定是个整数。

21。现在正在用XP画图,结果发现一个很麻烦的问题,我做的是关于包合物方面的结构问题,首先需要画出一个主体层面,一般在这里都有说明不对称单元中包含有几个主体分子,这个结构中有两个独立的分子进行构建,譬如C1 C2,但是,我发现在同一层面上只能找到C1A C2A以及C1B,还有一个C2B却在另外一层上,我不知道该如何说明这样的连接方式问题,我想请问老师应该怎么解决这个问题,谢谢!

您的问题可能可以用MATR或PROJ找到一个合适的角度观察处理

或者在产生C1A C1B C2A C2B 之后，通过MPLA C1 C2 C1A C2A C1B C2B（取平面）及ROTA 1（或2）90 处理看出来。

22．有几个问题请教高手：

1.Ratio Observed / Unique Reflections too Low ....　　　　 37 Perc. 如何解释，怎样处理？

2.Rescale T(min) & T(max) by .....................　　　 0.53　　　 又是什么意思，我该怎样做？

1 增加收集的点数，可以改为全球收集

2 是透过率，当晶体不同方向的透过率不同时，会有此值，试试重做吸收校正

23．When printed, the submitted absorption T values will be

　　　　　　replaced by the scaled T values. Since the ratio of scaled T's

　　　　　　is identical to the ratio of reported T values, the scaling

　　　　　　does not imply a change to the absorption corrections used in

　　　　　　the study.

　　　　　　Ratio of Tmax expected/reported　　　0.917

　　　　　　Tmax scaled　　　0.495 Tmin scaled　　　0.236

是什么意思？

Ratio of Tmax expected/reported　　　0.917 计算值比报道值小
Tmax scaled　　　0.495 Tmin scaled　 0.236 计算的最大和最小T值
7 g: C# Y3 f- F& }) |) e
+ L1 s" n9 n8 Z1 N2 Q' y0 Q

24．如下表中第3-5列表示x,y,z的坐标，最后一列是Ueq，可不知第2列和第5列分别表示什么：

Si1　　3　 0.094399　0.250000　0.073368 10.500000　0.007500

Mg2　　2　 0.000000　0.500000　0.500000 10.500000　0.003080

O2　　 1　 0.091985　0.250000 -0.266436 10.500000　0.009780

O1　　 1　-0.052606　0.250000　0.221101 10.500000　0.009700

O3　　 1　 0.163008　0.466392　0.221773 11.000000　0.009780

Mg1　　2　 0.222374　0.750000　0.009996 10.500000　0.003590

第二列是指原子类型吧，而第五列好象是和占有率有关。如o3指100% 而si为10.5则指50%

25．在xp中有好多对称代码，如4566， 6564， 4555等，但是并不是所有的都有，可能让大家见笑了，我想问的是一般给那些原子才会有这些代码？是不是晶胞中的所有原子就可以通过mgen这一操作长全？谢谢了？

只要有对称操作都可以通过ENVI,SGEN命令来长出需要的对称原子

ENVI得对称号,通过SGEN 4566 O2长出需要的对称原子

26．请问高手，我最近做的一个单晶具有手性，但是没有flack对，它属于单斜晶系，p 21/c 空间群，仔细看了一下结构，发现晶胞中的四个分子中有两个相同，其余两个是它的对映体，我问了别人，他们说这是对的，因为我的空间群表明化合物为中心对称结构，而镜面也是对称元素，不知对否？是不是测结构时给解错了？

有没有非正定的原子，如果有许多，说明空间群对称性还可以再提高，用platon检查一下对称性，如果没有可能收录时晶胞选太大了。

27. 我的CIF检查时出现了这样的A级错误,

Correction for Absorption Required　 RT(exp) ...　 1.65

是什么意思呀,能不能修正,呀

(l*/u)较大必须作校正，不校正也能修，但不合理

28. p两个苯环间存在相互作用力,应如何计算他们之间的距离

xp命令下：

cent/x c1 c4

程序会确定两个原子的中心位置x1

cent/x c1a c2a

程序会确定两个原子的中心位置x2

然后连接两个中心位置

link x1 x2

然后

bang x1 or x2

platon下：

你可以用那里的calc all，然后你在生成的.lis文件里找你要的那两个平面的距离

我推荐你用platon，xp里计算太麻烦，还有我感觉我用xp计算的不准确，

29. 如果两个平面完全平行，他们的方程系数应该一样或者成比例变化（这是数学上的），那么既然这一方程表示的是你选的原子的最小二乘面，而且系数相同，从数学知识可以肯定它们的常数项差的绝对值应该是两个平面间的距离，这勿庸置疑。

　至于俩个平面有夹角，它们就不存在平面间的距离，只能说一个大概的数值，因为如果俩个平面有夹角，那么它肯定会相交的，就不存在距离，这是数学上的说法，而现在为晶体学，我们讨论的平面是有限的，而不是无限的，所以我觉得可以按平行的那样去处理，不过要加一些参数，比如说两个平面的夹角。因为，我们之所以说有芳香堆积，那么俩个环的平面夹角应该比较小。所以可以按平行处理。若夹角太大，那么就不是F型的芳香堆积，可以考虑T型的。

完全平行，勿庸置疑？这只有在方程系数为方向余弦的倒数才成立。否则，？？如

10X+11Y+12Z=14和10X+11Y+12X=15,此处二方程也可表示为 5X+5.5Y+6Z=7 和 5X+5.5Y+6Z=7.5

两种情况的常数项差分别为1和0.5，哪一个正确？不置疑只能是方程系数为方向余弦的倒数。计算一下，SHELXL好像不是这一情况。不知怎么回事？

至于俩个平面有夹角，只能说一个大概的数值。我建议是采用点到平面的距离计算，或者从图中看出大致哪两个点（包括芳环中心）连线垂直于环平面，后计算两点距。当然，两平面的二面角是要计算一下的。
至于F型和T型，很容易从画上看出。

不平行的我建议还是算他们的心心间距离，然后将二面角和心心之间的错位距离表征出来最好。不过心与心间的错位距离还不会算，请教高手如何计算？

30. 如果是倒反孪晶，flack系数在0.5左右，如何用该命令精修结构呢

先在ins文件中加入twin 命令行试试看！

不行的话用wingx里面的精修界面中的twin菜单，仔细的调节参数再试试看！

31. GOOF值不接近1,咋办?

看看是否还有原子没有指认或者有的原子类型指认错了，如果都不是可以试着调节权重因子。

32. 晶体的对称性和分子的应是不一样的。对一个晶体我们知道了它的空间群，但是并不一定能一下看出他是这样的。所以有没有什么软件能直观的给出它的对称元素哟。最后是可以对单个分子进行分析的。

platon里面就有这个功能！

还有一个就是与gauss03配套的gview03版里面也有这个功能！

platon中是哪个功能？我指的是能直观的看出来。即然你会gview03那一定是在用gusso3做计算吧，好象它不能给出这个功能，也就是说你知道如何设定它的空间群对吧，能再说的详细嘛。谢谢！

如果你用gview03的话，比较的简单，把你要看的分子结构存成*.pdb的格式，然后用gview打开，记住如果系统提示加氢的话，不要加氢，否则可能会改变分子对称性。在gview的面板上有symmetrize按钮，点击它就可以告诉你对称性了。

如果你用platon的话，（建议你用wingx里面带的那个platon，我比较熟悉这个platon，总之功能差不多）你需要把你要确定对称性的分子，弄个*.ins文件，在胡乱弄个*.hkl文件（这两个文件名要相同），然后用pwt打开那个*.ins文件，进入pwt控制面板，上面有个按钮（第二行第三个）“platon graphical menu”，点击进去，会看到很多命令列表，其中的第四列的symmertry功能里面有个“MOLSYM”，你点击它就可以得到你需要的对称性的信息了。OK
1 J  F* @2 M: j$ T1 N- w* o# J
4 O% S2 U% l3 D7 B

33.platon分析氢键，计算孔洞，以及pai-pai堆积作用？

你选择计算全部结构，然后再file 里面选择*.list文件你会看到platon计算的全部晶体数据，带有误差参数的，里面的数据比较多，你仔细的找你要计算的的两个平面的原子编号，程序会定义每一个平面，每一个平面都会有一个编号，然后你就找它计算的平面之间距离的那一部分，找到你要计算的两个平面的距离就可以，仔细的找就可以了。建议第一次要仔细的看，因为它计算结果的格式是固定的，熟悉了下一次找就比较方便了。还有用记事本打开*。list文件看着会舒服一点。

34. 我画了C-H...O氢键图，可编辑说我图画的不对！，提了如下意见：

The first problem is that the molecules drawn in the Figure

does not correspond to the symmetry codes given in Table 2.

In Table 2, C-H...O hydrogen bonds are shown between the molecules with symmetry

codes,
1 A( j  s5 P- q# K0 T1_555 and 2_576, and between the molecules with symmetry codes, 1_555 and 2_577,

& Q" u% \* k+ \while you drew the C-H...O hydrogen bonds

between 2_666 and 1_645, and between 2_666 and 1_644.

Of course, relative positions between 1_555 and 2_576 and between 2_666 and

1_645 are equal,

but for reader of your manuscript,

I　I think that the Figure should be drawn according to the symmetry codes given

in Table 2.

The second problem is that not all C-H...O hydrogen bonds are drawn in the
Figure.

For example, you drew a C-H...O hydrogen bond,

C23(2_666)-H27A(2_666)...O5(1_645).

This causes automatically (through symmetry relation) another C-H...O hydrogen
7 N8 e7 n5 V8 b' D3 Z% i8 Y* Sbond,

C23(1_645)-H27A(1_645)...O5(2_666),

that you failed to draw.

该如何解决！！求大家帮忙！！

第一,所有的质子给体的对称代码一般都应该为1555.

第二,然后才能根据给体划受体.

最后,所有的氢键都可以从不对称单元中找到给体,不然就不叫不对称单元.

从你的问题看,主要的原因好像就是没有把所有的给体的对称代码给成1555.

那怎样把给体的对称代码给成1555,我的图只是在XP中画的,没有考虑什么对称代码!!我用 proj 作图,删掉多余的分子形成的!!谢谢!!

在XP下,先用ENVI找出对称原子,然后用SGEN命令完成对称原子都把对称码转化为1555

35. 谁用过PLATON软件中的CIF VALIDATE 功能的? 软件都安装了,基本都可以用了,但是就是检查CIF文件的功能不能用.可能是系统的变量没有设置对,但是我也是按照说明书说的去设置系统变量,也还是不能用.请问哪位高手有用过这个功能的,是如何设置系统变量的? 我系统是装XP的.

先谢谢大家的帮助!

如果设置都很正确，建议你检查一下原子的命名，platon对原子的命名有点敏感，特别是对与水分，命成Ow1，好像不行，改成O90，或者其他数字编号可能就会解决了，试试看，这是一个可能的原因。

36．C1　　 1　 0.121652　0.246027　0.442076 21.000000　0.069420

C2　　 1　 0.060125　0.250156　0.502590 21.000000　0.089850

O1　　 4　 0.741193　0.420737　0.921086 11.000000　0.097190　0.042270 =

　　　　　 0.043310　0.034400　0.003990　0.026710

O2　　 4　 0.568563　0.291549　0.810126 11.000000　0.061080　0.056650 =

　　　　　 0.044460　0.023300 -0.000630　0.023610

如上是INS文件中的数据,请问第六列的21.000000何解,多谢

通常21与-21成对出现，这表示一个原子统计在两个位置上，期占有率之和为1。比如

FVAR　0.16832　0.7534

PART 1

C2A　 1　　0.255905　　0.173582　 -0.001344　　21.00000　　0.04351

PART 2

C2B　 1　　0.299373　　0.178166　 -0.015708　 -21.00000　　0.03516

PART 0

这表示C2占据A和B两个位置，PART 1的部分一般为21，PART 2的部分为－21，FVAR变量的第二个数字（0.7534）表示A位置（21）的实际占有率，而（1－0.7534）则表示B位置（－21）的实际占有率。

哦，看来是我是用Xshell时产生的
可不可以设置让一个PART的占有率自动精修，怎样实现，谢谢

如果想对某个原子的占有率进行精修，可以把它的占有率改为1.000，然后精修，Xl以后会发现1.000有所改变。

我是这样做的，可是发现本应该占位几率一样的一组原子被精修的占位不一样了，虽然相差不是很大，但R值下不去，所以我想可能就是因为这个不一样所导致的。不知道是不是有让这一组原子在占位大小一样的情况下精修占位度。

可能说不不太明白，是这样：

As1 As2 As3 As4

As5 As6 As7 As8

这是赤道皇冠形宠状多酸球里的二组As占位序列，每组里的As占位应该是一样的，但不确定各组占位是多少，最理想当然是各组0.50000，但是好象不是这样的

你也可以把精修后的占有率固定，比较接近的占有率固定成一样的，但是要保证2个原子的占有率之和要等于1，试试看，统计和无序是最难精修的，可以参见如下网页：

http://shelx.uni-ac.gwdg.de/~peterm/tutorial/do-intro.htm

37．请问如何更改消光标准

XPREP中有选择的菜单,有些自动产生的消光是不对的,可以通过选择不同的群来更改.

Ins 文件里加上EXTI ＃＃＃跟上相应的数值即可

38．大家能把PLATON的一些使用技巧说说吗？

到现在我只会少许的一些PLATON功能，无法说出技巧。下面是我常用的一些PLATON功能：

1）用来检查自己解的结构是否完整，是否出现异常情况，并用VALIDATE得到的信息提高所解结构的合理性；

2）检查H键的情况；

3）判断空间群可否进一步提高；

4）找出结构中空洞所在位置和大小，并计算一下空洞是否有溶剂分子存在；

我所用的是WINGX界面下操作，有一些功能是WINGX调用PLATON功能，所以完整的PLATON如何使用我也不清楚。物构所的同志使用较多，希望能多给我们一些经验。

至于你所说的处理异常情况，事实上一旦VALIADATE一下，PLATON.CHK文件已把异常可能产生的原因写出来了，只要按要求，用SHELXL命令可以逐一解决掉！在我的课题组，如果CIF通不过PLATON的VALIDATE检查，解结构一关一律算没过。

据我所知，晶体结构方面的审稿专家也都是先将CIF通过PLATON的VALIDATE检查一下才进行后续的COMMENT。而当你投稿于《结构化学》时，编辑部首先将你的CIF通过VALIDATE检查一下，并将之附在原稿之上，而后才送给审稿人审稿。

对从事晶体结构解析的人而言，如果手上没有PLATON程序，那解出来的结构可能不尽合理。所以我才会在上一个WINGX主题中提醒大家一定要记得把PLATON一起下载。以前的WINGX含有PLATON，现在的版本中只是提供链接键，但没有PLATON程序，它须另外下载。

另外：顺便提一下，如果所得的空间群有可能提高的话，也可以从最后得到的计算的FC，重新出发，视为衍射的HKL文件（记得把F0栏删掉），再解一下试试。

39．请问晶体结构精修时如何手动加氢，如：HFIX 43

　　　　　　　　　　　　　　　　　　H2 ____   H2后面的值如何加上去？请高手指点！

在XP界面下操作，比如C2（仲碳）上要2个氢可以输入：

HADD C2 2

或者在C3（叔碳）上加一个氢输入：

HADD C3 1

烯烃碳C4上加2个氢：

HADD C4 9

我认为应为：

HADD 2 C2

HADD 1 C3

HADD 9 C4

手动加氢：

加大PLAN个数，找出较合理的Q峰加氢

之后在INS文件中加入HTAB

运行后LST对不合理的H位置会有提示，并给出建议位置。

40．Friedel pairs衍射的数目是怎么得到的，发文章时要我提供所使用的Friedel pairs衍射的数目，万分感谢！急

Friedel pairs, 手性群会有此测定，你到ABS文件中找

: t( l# g- m) v; t

晶体结构解析、作图及投稿常见问答 (二)

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转自晶体学论坛

1在cif检查时出现以下问题，不知道这两个值怎样改才可以？多谢了！

ABSTM02_ALERT_3_B　The ratio of expected to reported Tmax/Tmin(RR') is < 0.75

　　　　　　Tmin and Tmax reported:　　　0.645　　 1.000

　　　　　　Tmin' and Tmax expected:　　　0.751　　 0.859

　　　　　　RR' =　　　0.738

　　　　　　Please check that your absorption correction is appropriate.

PLAT061_ALERT_3_B Tmax/Tmin Range Test RR' too Large .............　　　 0.73

ins file: 加入size 0.3 0.2 0.2, 然后refine一下,cif 中就会有变化

2一直听说platon可以计算孔穴，但是一直不大明白如何计算，请问有这方面经验的朋友是怎么进行的，是用ＣＡＬＣ　ＡＬＬ算res文件吗？其他文件可以吗？谢谢

在platond的命令提示行内输入

calc void可以计算空洞的大小，最好事先把一些溶剂分子都删去，在来计算！

3请问大家有没有自己用shelxa程序进行吸收校正的啊？需要注意些什么问题？现在已经知道是用raw文件和fcf文件，但是这个程序是在shexl里面自带的，那么具体应该怎么用呢？是在dos命令提示符下吗？

有个windows版本的shelxtl，但是好象在工具栏里没有看见相关的shelxa的东西，谢谢！

saint 里有一个SADABS子程序，可以做吸收教正

我们用的TexSan里面也是用的SADABS做吸收校正的

4两个问题请教!

1, 发表晶体文章之前,是不是必须作吸收校正.

2. 在acta crystal.C 发表文章,是不是从一开始递交manuscript时就要严格按照他们的要求编辑cif.文件, 可不可以等接受以后再准备.　

　 因为,他们好像是用编辑好的cif.file 文件投稿!

一点都没错，就是你说的那样！

1.        吸收校正是为了你的数据更好，如果已经很好了，完全没有必要做吸收校正。事实上很多有机晶体不需要做吸收校正。当然大部分晶体是要做吸收校正的。投稿不要要求你必须做吸收校正的。

2.        2. 不严格按照要求做,你的cif文件根本无法提交。到不了审稿人手中。

5我只拿到CIF文件,大家指点一下!!!哪个软件能加个H.

只有cif文件就比较困难了，还要有hkl文件和res文件（或者ins文件）。

当然也不是没有办法，你可以用wingx把你cif转化成res文件，然后再用wingx生成hkl文件，这只是没有办法的办法了

wingx生成hkl文件? 没试过,请教步骤

我说错了一点，wingx自己不能通过cif产生hkl，但是它用到的platon可以产生，再此更正一下。我说一下直接有platon生成hkl的步骤：

1.打开platon，即双击pwt.exe

2.打开cif文件（File－Select Data File－*.cif）

3.点击上方按钮“Data”，其中有个“HKL CALC”，单击一下即可产生hkl衍射点数据文件。生成的文件扩展名是*.hkp，改成hkl即可。但是此hkl文件的格式好像不是hklF 4的模式，怎么转化成HKLF 4的方法我还不清楚。请大家一起研究一下。

6以下是我对于cif文件中不太明白的部分，特别是吸收校正的类型很多，一般如何填写？问题很多，请各位江湖大侠给予指点，小女子不胜感激！

1.　sadabs后的文件中，有total和I>2sigma 值，后者是否与还原时设置的 2theta 值有关？设置的2 theta 是不是越大越好？

3.        cif检测后的2 theta 值是否等于cif文件中的_diffrn_reflns_theta_full？由于通过检测需要的值大约是50.4，所以还原时设置的2theta值应该尽量高对不对？ 设置2 theta这个值高低的有缺点分别是什么？

4.         

3. 吸收校正的类型如何判断和填写？

_exptl_absorpt_correction_type　　?

multi－scan是什么意思？

4.T_min和T_max指什么？

_exptl_absorpt_correction_T_min　 ?

_exptl_absorpt_correction_T_max　 ?　

5.　_cell_measurement_reflns_used　　 ?

_cell_measurement_theta_min　　　 ?

_cell_measurement_theta_max　　　 ?

如何填写，从Ls文件中哪个部分可以得到此信息？

6. 这些信息的来源是哪些文件？

_diffrn_standards_number　　　　　?

_diffrn_standards_interval_count　?

_diffrn_standards_interval_time　 ?

_diffrn_standards_decay_%　　　　 ?

7.su值的意义，这个值从哪里得到？

_refine_ls_shift/su_max　　　　　 0.001

_refine_ls_shift/su_mean　　　　　0.000

8.这些表示什么意思？

_diffrn_measured_fraction_theta_max　　0.477

_diffrn_reflns_theta_full　　　　　　　26.99

_diffrn_measured_fraction_theta_full　 0.477　　

9.这些值的意义和来源？

_refine_diff_density_max　　0.960

_refine_diff_density_min　 -0.690

_refine_diff_density_rms　　0.142

4.T_min和T_max指什么？

_exptl_absorpt_correction_T_min　 ?

_exptl_absorpt_correction_T_max　 ?

在ins文件中加入size 0.2 0.1 0.1,然后运算一遍就有值写入T.

6. 这些信息的来源是哪些文件？

_diffrn_standards_number　　　　　?

_diffrn_standards_interval_count　?

_diffrn_standards_interval_time　 ?

_diffrn_standards_decay_%　　　　 ?

这些值不用都填, 其中decay_%　在ABS文件中找　　

7.su值的意义，这个值从哪里得到？

指收敛,是自动生成的

3. 吸收校正的类型如何判断和填写？

_exptl_absorpt_correction_type　　?

是与仪器有关的吸收校正的类型,你问问给你做晶体的人

5.　_cell_measurement_reflns_used　　 ?

_cell_measurement_theta_min　　　 ?

_cell_measurement_theta_max　　　 ?

从_LS文件中找
! K3 K! b% \; u- `
) q. u! j) Q. M0 J& {, D  F

7小弟刚接触结构解析，不知道该如何判断分子之间是否有氢键，如果有我又该怎么办啊，希望各位大侠给与帮助。

如果有氢键程序会默认以虚线的形式表示出来。

建议你用platon去检查一下，这样比较的准确！

在ins里面键入htab命令，refine之后可以在lst文件里面发现H键

8画椭球图用哪个软件好?我用ORTEP时!labels和结构比好大,分子结构较大,拥挤,如何缩小

2对称结构的不是_A就是上标A,没法如!工1A,2A,形式　如何画好一个椭球图,请高手指点!!!

还是用XP画吧！

9cif中显示结构的完整度只有85％，是不是不能发文章，它究竟是怎么计算出来的？

太低了, 在ins中加入omit 继续修吧，最好到95以上

10现在已经有了单晶数据，怎样求分子内任意两个原子之间的空间距离？

做出两个分子,对称或堆积用link或者join　就ok了

还是不太明白，能不能详细指教？谢谢！我能用link命令把两个原子连起来，但用envi 命令不能显示他们之间的距离啊？（同一个分子内的两个原子间的距离）

唉，我还是喜欢用win版的，直接点一下鼠标，就知道分子内任意两个原子之间的距离了。OSCAIL软件包

用link命令，然后用bang就可以了，终于看懂说明书了！不过还要谢谢各位！

11在ins文件中加入exti指令后精修，却发现结果该值高的异常（达几百至一千多）请问这是什么原因造成的，如何更正

不要做exti嘛，有时候做exti，R会降，但有时候会升高，说明不适合做exti。

12晶体中原子的占位度表示什么意思呀？怎么计算出来的？cif文件里有标示出每个原子的占位度吗？

还有，是不是每个原子的占位度必须是100%？

原子的占有率，你根据这个汉语意思还不知道吗？原子的占有率不一定都是100％，看在什么位置了，跟位置有关，

占有率在res 文件中有

11代表100%，10.5代表50%，10.25代表25%，10.125代表12.5%

跟位置有关，是否构成晶体骨架的原子占位率必须是100%呢？如果晶体中有两种原子占同一个位置，是这两种原子占有率的加和应该是1吗？

跟位置有关，主要是指，在什么样的对称操作上，通常叫做特殊位置，在其他位置的叫一般等效位置，晶体骨架的原子也许刚好在某种对称操作上，比如在2次轴或对称心上，则为0.5，在三次轴上为0.33333或0.66667还可以0.25 0.50 1.0等，如果两个原子占同样的位置，则这两个原子占有率应该等于1（在一般位置时），在FVAR命令行的那个参数后面 添加1.0000，这两个原子的占有率部分分别改为21.0000和-21.0000，这样就可以限制两个原子的占有率为1.0，当然还要用EXYZ这个指令和Eadp这个指令

当然，如果是无序，也可能是占有率不为1.0，看无序的程度了，但总的占有率还是1.0

13请问在数原子个数的时候是不是应该先在Xshell里面grow结构，数完之后然后乘以Z值。谢谢！

你可以在ins文件中加入acta指令，在lst文件中就会给出单胞内各种原子的个数，但前提是你在unit那行给出的原子个数不对，在lst文件中就会给出正确的个数，否则不出现，但也可以通过添加more命令，用不同的参数，具体是多少，我忘记了，比如more 3 ，4，5，6等你试一下

14请教各位前辈、学友：我经常碰到这种情况，就是在给单独的氧原子加完氢后，形成的氢键只有供体却没有受体，这是为什么？应该怎样修正？

我以前替别人检查的时候，也出现这种情况。后来仔细检查他的修正过程时发现是原子定错了，你看看是不是也是这种情况。所以加氢的时候会加错。就出现只有供体没有受体了。

一般是容易出现c原子定为O原子。从键长方面多检查一下。温度因子可能变化不大，因为C和O的原子量接近。

用WINGX->MAPS->Calc-OH找氢，再处理其它问题

15PLATON晶体学工具软件很是有用。建议大家下载它自己检查CIF文件。在我们解的过程中，PLATON就会告诉我们合理性问题，省得少走弯路。解好一个结构，应该说只有通过了CIF检查才算好了！不要等到要投稿才算检查！有时解的过程中独立单元没选好，等于没解，它必须重新得出原子的坐标或利用SGEN处理，重新进行计算相关几何参数！由于原子编号可能变化，图可得重画呢？何必把聊天的时间也搭上啦！大家应该大度地说，只有通过了PLATON检查才算解好一个结构，才算真正合成了一个晶体！

建议下载WINGX免费软件，PLANTON是其中的一功能。网址：http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software

16如果完整度太低，在发表文章时影响是不是很大呀？我有一个的完整度才百分之86左右，是不是不行呀？

一般要求90％以上，如果是用ccd测的，可以再重新还原数据一次看看有没有改善，也可以通过其他非正常手段去提高完整度，比如人为的修改衍射角度，可以唬弄检查（个人不提倡用），衍射点已经就那么多了，对修正没有影响。

completeness? OMIT 0.00 52.00...

171.如何从SMART的Unit Cell Determinsation的输出结果看出试样是属于哪种点阵的？是Primitive的,还是A,B,C,I,F,R的 -->在后面用XPREP确定晶体结构时要选择的

2.Unit Cell Determinsation输出结果中的Orientation Matrix是不是

S11　S12　S13

S21　S22　S23

S31　S32　S33

看消光，例如：如果是P，则P列衍射收集点为0，或很小

P列是哪一列？如果是A,B,C,I,F,R的，又该怎么识别呢？

我把SMART APEX的User's Manual(5.0) 4-13页中的用SMART>Crystall>Unit Cell对YLID的Least-squares输出结果(Fig. 4-32)打出来，请具体讲讲，好吗？

Orientation Matrix:

-0300199829　0.10665119　0.01465839

0.11306161　-0.02113262　0.03875523

0.12383696　0.02125401　-0.03511810

Lattice Parameters & Standard deviations:

5.9631　9.0267　18.4111　89.980　90.022　90.091　　　991.02

0.0007　0.0031　 0.0042　 0.020　 0.017　 0.020　　　　0.48

Standard deviations corrected for GOF:
9 F6 m# E$ w$ k$ `0 N, c0.0014　0.0058　 0.0077　 0.037　 0.032　 0.036　　　　0.89

Histograms:

　　　 .00　 .05　 .10　 .15　 .20　 .25　 .30　 .35　 .40　 .45　 +inf

　　H　　 85　　0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　K　　 85　　0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　L　　 83　　2　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

Omega　　 76　　6　　 1　　 0　　 2　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　 0.00　 0.25　0.50　0.75　1.00　1.25　1.50　1.75　2.00　2.25　 +inf

　　X　 48　　 29　　 7　　 1　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　Y　 63　　 11　　 4　　 4　　 1　　 0　　 0　　 0　　 1　　 1

　　　　　　　 H　　　K　　 L　　 Omega　　　　　　　 X　　　　　Y

在这里是看不到格子类型的，可以在.P4P文件中看到格子类型

18一个化合中有Cu-C=-N 但是选择高对称性的空间群后发现Cu上只有一个原子C或者是N请问怎么把它修成氰根呢 不胜感激！

建议你这样试试：

加入开始的C或N的坐标是
C1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　11.00000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

你将其改为

C1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　10.50000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

N1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　10.50000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

然后在PLAN 20 后加上

PLAN 20

EXYZ　 C1 N1

EADP　 C1 N1

c1　　　　10.50000

n1　　　　10.50000 好象不太对吧 又不是在二次轴上

没错，10.500表示这个位置上N和C可能出现的机会都是0.5。

我上面只写了C的处理，原先的N也要按照相同的方法处理。

19我见到前篇您关于测量晶体两个面间的距离问题的回复，“两个平面之间的距离是由两个平面的平面方程计算的，不是两个平面原子的距离，这两个平面方程可以由SHELEXS来计算或者用XP来计算。“请您详细说明一下SHELEXS来计算或者用XP来计算的步骤好吗？谢！

在XP窗下，用MPLN命令可以得到一个平面方程，例如MPLN C1 C3 C5，再算另一个时，给出与上一个的夹角。

MPLN命令能给出两个平面的夹角，但平面距离呢？

既然有夹角，谈何距离呢？

既然有夹角当然不平行了，所以两面之间距离为0

这个说法是不正确的，所谓两个平面不平行，其距离为0只是数学上的概念，它们的平面为无限的，而我们讨论的平面是有限的，可以说两个平面之间的距离不存在，但是，建议采用一个平面的中心到另外一个平面的距离代替平面间距离。

20测晶体结构的老师给我的Rint为0,但杂志社说不能为0,我问了那个老师他说程序算出来就是0,这怎么办？望帮助，谢谢

我也碰到过这种情况, 提交修改稿的时候解释一下应该没什么问题吧

这是因为你测试完晶体以后，把数据都merg了。当解结构的时候，程序会认为此时的Rint＝0。如果是有心空间群，这样合并无所谓，如果是无心空间群，则不合适了。衍射点会比根据对称性计算的衍射点少。一般是IP面探会出现这种情况（实际上可以通过设置，让还原程序不merg原始数据，这样就不会出现上面的情况）。如果是IP测的晶体，在配置文件texray里面可以找到实际的Rint是多少，注意这里的rint是按照百分数给出的，也就是乘以100以后的值，实际需要的是应该除以100以后的值。如果是CCD测的都就不会有这样的情况。

楼上的兄弟说的很专业,确实,我以前收的那个就是IP收的数据.

我想问一下兄弟,在texray文件里找到了不是0的Rint值之后怎么办? 直接去改掉cif里的那个值吗,直接改? 不妥吧!!

如果是用CAD测的，Rint=0，又是怎么回事？如何改？望各位赐教

rint＝0，这说明衍射点被合并了，简单来说，这本来是解结构的程序来做的事情，被还原程序提前给做了，如果是有心空间群，直接在cif中修改，没有什么影响，如果是无心的空间群这样就不合适，只能作为权宜之计，因为你的衍射点数目肯定小于根据对称性计算的衍射点数目。严格来讲，应该重新收集数据，不合并衍射点，但对于一般的不是单纯搞结晶学的来说的，衍射点少一点也就少一点了。只要解结构时，衍射点的数目不小于参数的8倍也可以。这是个人见解，也可能不合适，见谅。

21我有一个晶体结构，其中的一个碳原子温度影响参数达到了0.186，导致它与周围原子之间的键长有些偏差C—C仅为1.32，而且画出的晶体图中这个原子也显得比其他原子打了很多，（体积有三倍大）。其他们什么问题，GOF和R1 也到比较理想。请问，这在发文章的时候会不会受影响？如果需要特殊的精修方法，该怎么办？

温度因子太大在发表文章时审者是会提出质疑的，一般有可能是您的原子命名有问题（有时可能是其它原子命名的问题），还有就是在该原子位置有无序的情况也会出现温度因子偏大。

22platon 在检查CIF 文件，特别是空间群是否定错了，计算空洞的大小等非常好用。但是很多人不会安装，我琢磨了一个多小时，现把具体方法告诉大家。

软件的下载地址大家应该清楚了，不用讲了，

1，先安装PWT软件

2，把PLATON 文件里的全部文件复制到PWT安装的路径文件中，选择覆盖全部文件。

3， 点击PWT.EXE 就可以看到体格WIN 界面了

4，选择打开数据文件，一般打开CIF文件，后面的事情你要检查什么都可以了。

大家试试了，再使用过程中有什么好的思路，欢迎交流指点。

其实，下载WINGX更好用。它不仅包含PLATON，还有SHELX，Validate Cif, SXGRAPH, ORTEP,CAMERON等界面，对小分子非常好用。可以边解结构，边检查合理性。

23请问各位老师，两苯环平行，间距3.52；质心距4.67。这个夹角大约40度。可以算作pi－stacking吗？

距离好像要小于3.35

有弱作用，角度最好在20度左右最好

非经电的Pi－Pi作用，你最好检查最近的碳原子同苯环的距离。此外，你的结构好像存在

C-H...Pi作用。

24各位大侠，在解析结构时，配位水能不能质子化。我想在六水合铜的一个水分子上加一个氢原子，不知是否合理。因为我的电荷不能平衡，缺少一个正电荷。

配位水质子化一般不太可能，因为如果带电荷的化，有可能不是配位水了，电荷排斥，也许不是配位水，是个羟基也有可能啊，看你合成的条件了，另外，也可能是Cu有变价。主要看你反应的条件了。或者从其他的方面去平衡电荷。个人认为配位水不太可能带电荷。

25无序分两种：1动态的无序；2静态的无序

第一种好理解，where one atom occupies more than a single site；第二种指the same site in two unit cells is occupied by different types of atoms。

无序的精修，需使用一些技巧。

So, what is displacement? They are the same thing?

I am solving some single crystal structures, which Ba2+ dopes in the site of K+ (less than 10%, statistically).

In shelxtl, I tried the EDAP and EXYZ command,still suffering that. :-(.

displacement应属第二种，不常见，两个命令与此有关，简介如下：

EXYZ followed by a list of atom names forces the named atoms to possess the same coordinates as the first atom of the list. This can be useful for some types of substitutional disorder.

EADP followed by　list of atom names makes the anisotropic displacement parameters of all named atoms equal to those of the first atom in the list.

那你可以告诉我，当溶剂DMF与金属原子配位以后，出现的无序该如何解决？

我是新手，请多多指教，还有啊，我用英文表达的不好，只好用母语了，见笑了。

如果是第一种，可以修占有率，还可以进行键长、键角的限制

26请教各位大侠：我的晶体在CHECK时出现Correction for Absorption Required　 RT(exp)，怎么办呢？？

意思大概是要你做吸收校正

吸收校正是不是一定要重新收集数据才能完成啊?不能通过精修完成吗?

还原时要做吸收校正, 不必每次都重收数据.校正后的数据会好很多. 也有个别晶体需要重做, 我还碰到过校正不好的情况

27解结构时修正单元中有很多结晶水,这些水的氧原子温度因子很大,没有吧,残留峰很大,怎样修正水的占有率,溶剂水的氢傅立叶算不出来,怎样加上?急需!!

放开水的占有率为1.00000,修四轮后程序会自动给出水的占有率。

28解好的晶体结构cif，不知道（或没有查到）已经是被人发表了，我邮寄给ccdc或icsd数据库进行deposit时，他会不会仍然接受？他们在deposit是要不要查新？我如果投的话，他还会给我一个号吗？

同时如果我deposit一个新的晶体cif，那我发文章是否有时间限制？

那位大侠知道，请指点！！！

一定要先查是不是有人发表了,再邮寄给Ccdc或icsd. 邮寄时要注明将发表在那种杂志上,时间上好像没有限制.

deposit一个新的晶体cif，那发文章是有时间限制的, 一般为3年.到期后会有一个询问处置方法的信.

29我合成的单晶易吸水，测定时需封在毛细管中，请问在哪儿可以买到直径0.5 mm 的单晶测试用毛细管？请教经销商的联系方式和大至价格。谢谢。

不要买了，随便一个毛细管，自己把两个口一封就行了，给里面记着来些母液，我就这样做的。

普通玻璃的毛细管有吸收，会影响测试，最好用石英的毛细管！

30请教各位大侠:有时候溶剂分子的热参数较高，比如要有15－25之间，有没有必要将该溶剂分子修为半个，或者修成合理的个数直到其热参数合理？那么一般溶剂的热参数多大时才为合理呢？？谢谢啦

0.15到0.25其实还好,如果溶剂分子在孔里面,若参数是会大一些.

31向各位请教 编辑说我的图形分辨率低 有锯齿 可是我的图形是用XP画的 转换成PDF后贴上去的 我该怎么办呢 急啊 哪位高手知道务必帮忙， 不胜感激！

你的文件世HGL的格式吗? 可以试试EPS格式

我的文件就是用XP生成的PS格式，然后转化成pdf格式，请教还有其他什么方法

用CorelDraw修改后，可以导出为各种格式，包括EPS，GIF，JPG，TIFF等，很清晰的

安装HGL格式的插件，就可以在word里直接插入HGL图像了。HGL格式是矢量图像格式，绝对清晰，如果编辑部需要图片的源文件，直接给ps就可以了！

可以把PDF中的图片复制到PHOTOSHOP中，先复制，然后在PHOTOSHOP中新建一个文件，这时可以选择图片大小和分辨率，大小不用改就是你刚才复制的那张图片的大小，只要改一下分辨率就好，默认的好像是72，我一般改成300，你试一下！

请大家注意，晶体学的图形尽量用矢量图，因此不要在Photoshop，ACDsee这些软件里转换，要习惯使用CorelDraw，Freehand，illstrate等矢量软件，导入hgl图形，编辑后再存为需要的格式。当然安装office的hpgl插件是最佳方案，但是这需要事先在XP里面把图形处理好。如果图形产生后需要进行一些编辑，比如删除一些原子，或者加一些箭头等则建议使用矢量绘图软件。

32验证CIF 有个错误Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.哪位大侠知道怎么解释这个啊，重心怎么会不在晶包里？

好像在ins里加平移指令重新产生cif就能解决

33我的结构中有氢键，但是不知道怎样画出来和怎样列出氢健的表格，请各位大牛帮忙，急等着发文毕业呀！

要在cif文件中列出氢键是比较容易的，步骤如下：

1. 首先在*.ins文件中加入HTAB 2.3的指令精修一次，然后查看产生的*.lst文件中相关氢键的部分。

2.从*.lst其中找出对称码，在ins文件中加入相应的指令

如EQIV $1 1-x,1/2+y,1-z...

再找出相应当氢键

删除HTAB 2.3的指令，加入每个氢键的指令

如HTAB O2 O3

HTAB O1 N2_$1　注对称码要写正确，不是对称操作产生的原子不要写对称码...

然后精修就可以在cif文件的最后中产生氢键列表。

如果只要看一下氢键，可以直接用platon检查一下，即可得出氢键。

xp下面话氢键有点麻烦，建议还是换用其他软吧！

34下了个WinGX结果点wingx32总是进不去，我down了license文件了？我的操作系统，WinXP。另外，我想问SHELTXL和WinGX解单晶哪个更好，SHELTXL解出的单晶结果怎样检验正确性

你要设置环境变量，具体方法软件会提示你到相关网站查。

个人觉得还是shelxtl更好用点，正确性主要看 r和 wr 和s值

其他的建议参看 单晶结构分析 原理与实践 陈小明主编，非常好的一本解单晶的实用书籍

我安装的WinGX也是无法通过license，请高手指教！to 楼主：我也用的shelxtl，但是听说WinGX是个综合的平台，包含了shelxtl ，另外还有platon 等等。

环境变量有两个，一个是WINGXDIR，一个是PGFONT，都要设置的，然后把获得的那个license拷到wingx目录下，完全可以的。WINGX确实是个综合平台，包括的是SHELX，而不是SHELXTL，这是两个不同的概念，SHELXTL里面有XP，是商业软件，而SHELX可以免费获得，没有XP，不能画图。

35解一晶体，checkcif发现有290A3的自由体积，解释为可能有溶剂，可是再找峰时没有发现有游离峰，用platon检查空间群也没错，数据修的也还行啊。请各位高手指教！

这个问题我也遇到，不知如何解决，platon解释有两种原因，一为含有溶剂分子，没有解析出来，另外一个原因就是你的化合物的分子间的作用，如氢键，堆积作用等比较强烈，比较多。

可能是空洞中还有水分子找不到的原因。建议你做一个热重实验验证水分子的存在。

36我也不清楚各位是如何画图的，但是按理说在XP里画的图绝对清晰，够用的。我一直用的是ps格式的。画图时，首先自动生成一个plt格式的文件，然后采用draw命令，再选择A，输出为ps格式，很清晰的，ps格式可以用adobe distriller转为pdf格式的，但是不推荐这种方法，个人建议在论坛下载一个ps文件浏览器，就是gsview，它要和Ghostscript配合使用，就是说两个软件都要安装的。很好用的，可能下载的版本打开文件时每次都有个对话框提示注册，但是不注册照样可以用的。强烈推荐用gsview打开ps文件，如果修改，那就用coreldraw修改，它可以输出为各种格式的，包括eps，png，gif，jpg等等，很清晰的。其实也可以下载gassian viewer，它也可以打开的。

谢谢老师啊，我也一直用的PS，然后转化为PDF，然后拷入Chemdraw, 输出tiff.不知道您所说的gsview和Ghostscript跟上面的方法比有什么优点阿？感觉操作还是有点麻烦啊!

37发在晶体学E的结构，Rint＝0.000，编辑让解释一下。这东西怎么解释啊。各位多帮忙！！

这个问题一般是由于数据合并时产生的，您可以在一个*.abs的文件中来查到R（int）值。

我们做过scale后产生了一个R值

38要判断两个平行的芳环间有无pai-pai作用．

最重要是找出这两个平面的距离．

一般情况下只要在xp中使用

mpln atom1 atom2 atom3 atom4 atom5 ...

这个命令就可以．程序会给出这几个原子所构成的平面方程．这是个归一化方程．

接着，mpln atom1＇ atom2＇ atom3＇ atom4＇ atom5＇ ...，

程序会给出第二个归一化方程．这两个方程中等号右边的两个数值之差就是所求的两个平面的距离．如果两个平面有夹角，使用上述方法就不太合适了．此时，应求一个平面的中心到另一个平面的垂直距离．

首先，cent/x　atom1 atom2 atom3 atom4 atom5 ...,此命令计算出这几个原子的中心位置并在原子键连表中用xA表示．

接着，cent/x atom1＇ atom2＇ atom3＇ atom4＇ atom5＇ ...，计算出第二个平面的中心并用xB表示．line xA xB命令会给出从xA 到xB的向量．

紧接着，mpln atom1＇ atom2＇ atom3＇ atom4＇ atom5＇ ...，程序会自动计算出xA 到xB的向量与平面atom1＇ atom2＇ atom3＇ atom4＇ atom5＇ ...的夹角．

计算xA 到xB的距离当然很简单了，下面只要用几何知识就可以求出一个中心到平面的距离了．

用platon计算，所有的信息都会有的

lineXA XB命令输入后怎么看距离啊我怎么看到的是3个数啊好像不是距离啊？

可以先link X1A X1B,然后再bang X1A X1B,这样就可以直接得到X1A X1B之间的距离了

其实只用Bang x1a或x1b就可以了

不用link直接bang x1a或x1b不行吧?!

39Flack因子从那个地方看？？？

如果是无心空间群，在解结构的过程中，把所有非H原子找完后，程序会自动给出flack参数，在list文件有，再加入指令修正后，出现在cif文件中。

40大家应当度过yaghi的文章，请问谁知道文章里面的图，尤其是空腔内的黄色圆球，有的还带投影，如何画，请高人指点。多谢多谢！

diamond3.0能画出这样的图

简而言之就是造“哑原子”，diamond3里面的“Insert Atom”的命令可以造哑原子。

比如在有结构的空穴中间造一个哑原子，然后把它的半径变得很大，就可以了！试一下吧，实践出真知！

0 i, P8 g, P. N7 E" D

晶体结构解析、作图及投稿常见问答 (二)

7 @( A5 G' }4 J, M5 H3 H[url=]

                               
登录/注册后可看大图

转载▼[/url]

: P% Z7 Z8 x6 J; z5 ]1 g; i1 k

转自晶体学论坛

1在cif检查时出现以下问题，不知道这两个值怎样改才可以？多谢了！

ABSTM02_ALERT_3_B　The ratio of expected to reported Tmax/Tmin(RR') is < 0.75

　　　　　　Tmin and Tmax reported:　　　0.645　　 1.000

　　　　　　Tmin' and Tmax expected:　　　0.751　　 0.859

　　　　　　RR' =　　　0.738

　　　　　　Please check that your absorption correction is appropriate.

PLAT061_ALERT_3_B Tmax/Tmin Range Test RR' too Large .............　　　 0.73

ins file: 加入size 0.3 0.2 0.2, 然后refine一下,cif 中就会有变化

2一直听说platon可以计算孔穴，但是一直不大明白如何计算，请问有这方面经验的朋友是怎么进行的，是用ＣＡＬＣ　ＡＬＬ算res文件吗？其他文件可以吗？谢谢

在platond的命令提示行内输入

calc void可以计算空洞的大小，最好事先把一些溶剂分子都删去，在来计算！

3请问大家有没有自己用shelxa程序进行吸收校正的啊？需要注意些什么问题？现在已经知道是用raw文件和fcf文件，但是这个程序是在shexl里面自带的，那么具体应该怎么用呢？是在dos命令提示符下吗？

有个windows版本的shelxtl，但是好象在工具栏里没有看见相关的shelxa的东西，谢谢！

saint 里有一个SADABS子程序，可以做吸收教正

我们用的TexSan里面也是用的SADABS做吸收校正的

4两个问题请教!

1, 发表晶体文章之前,是不是必须作吸收校正.

2. 在acta crystal.C 发表文章,是不是从一开始递交manuscript时就要严格按照他们的要求编辑cif.文件, 可不可以等接受以后再准备.　

　 因为,他们好像是用编辑好的cif.file 文件投稿!

一点都没错，就是你说的那样！

1.        吸收校正是为了你的数据更好，如果已经很好了，完全没有必要做吸收校正。事实上很多有机晶体不需要做吸收校正。当然大部分晶体是要做吸收校正的。投稿不要要求你必须做吸收校正的。

2.        2. 不严格按照要求做,你的cif文件根本无法提交。到不了审稿人手中。

5我只拿到CIF文件,大家指点一下!!!哪个软件能加个H.

只有cif文件就比较困难了，还要有hkl文件和res文件（或者ins文件）。

当然也不是没有办法，你可以用wingx把你cif转化成res文件，然后再用wingx生成hkl文件，这只是没有办法的办法了

wingx生成hkl文件? 没试过,请教步骤

我说错了一点，wingx自己不能通过cif产生hkl，但是它用到的platon可以产生，再此更正一下。我说一下直接有platon生成hkl的步骤：

1.打开platon，即双击pwt.exe

2.打开cif文件（File－Select Data File－*.cif）

3.点击上方按钮“Data”，其中有个“HKL CALC”，单击一下即可产生hkl衍射点数据文件。生成的文件扩展名是*.hkp，改成hkl即可。但是此hkl文件的格式好像不是hklF 4的模式，怎么转化成HKLF 4的方法我还不清楚。请大家一起研究一下。

6以下是我对于cif文件中不太明白的部分，特别是吸收校正的类型很多，一般如何填写？问题很多，请各位江湖大侠给予指点，小女子不胜感激！

1.　sadabs后的文件中，有total和I>2sigma 值，后者是否与还原时设置的 2theta 值有关？设置的2 theta 是不是越大越好？

3.        cif检测后的2 theta 值是否等于cif文件中的_diffrn_reflns_theta_full？由于通过检测需要的值大约是50.4，所以还原时设置的2theta值应该尽量高对不对？ 设置2 theta这个值高低的有缺点分别是什么？

4.         

3. 吸收校正的类型如何判断和填写？

_exptl_absorpt_correction_type　　?

multi－scan是什么意思？

4.T_min和T_max指什么？

_exptl_absorpt_correction_T_min　 ?

_exptl_absorpt_correction_T_max　 ?　

5.　_cell_measurement_reflns_used　　 ?

_cell_measurement_theta_min　　　 ?

_cell_measurement_theta_max　　　 ?

如何填写，从Ls文件中哪个部分可以得到此信息？

6. 这些信息的来源是哪些文件？

_diffrn_standards_number　　　　　?

_diffrn_standards_interval_count　?

_diffrn_standards_interval_time　 ?

_diffrn_standards_decay_%　　　　 ?

7.su值的意义，这个值从哪里得到？

_refine_ls_shift/su_max　　　　　 0.001

_refine_ls_shift/su_mean　　　　　0.000

8.这些表示什么意思？

_diffrn_measured_fraction_theta_max　　0.477

_diffrn_reflns_theta_full　　　　　　　26.99

_diffrn_measured_fraction_theta_full　 0.477　　

9.这些值的意义和来源？

_refine_diff_density_max　　0.960

_refine_diff_density_min　 -0.690

_refine_diff_density_rms　　0.142

4.T_min和T_max指什么？

_exptl_absorpt_correction_T_min　 ?

_exptl_absorpt_correction_T_max　 ?

在ins文件中加入size 0.2 0.1 0.1,然后运算一遍就有值写入T.

6. 这些信息的来源是哪些文件？

_diffrn_standards_number　　　　　?

_diffrn_standards_interval_count　?

_diffrn_standards_interval_time　 ?

_diffrn_standards_decay_%　　　　 ?

这些值不用都填, 其中decay_%　在ABS文件中找　　

7.su值的意义，这个值从哪里得到？

指收敛,是自动生成的

3. 吸收校正的类型如何判断和填写？

_exptl_absorpt_correction_type　　?

是与仪器有关的吸收校正的类型,你问问给你做晶体的人

5.　_cell_measurement_reflns_used　　 ?

_cell_measurement_theta_min　　　 ?

_cell_measurement_theta_max　　　 ?

从_LS文件中找
$ m3 ^, ]+ _  Y* n4 Q
8 P" P) P) o" M4 M

7小弟刚接触结构解析，不知道该如何判断分子之间是否有氢键，如果有我又该怎么办啊，希望各位大侠给与帮助。

如果有氢键程序会默认以虚线的形式表示出来。

建议你用platon去检查一下，这样比较的准确！

在ins里面键入htab命令，refine之后可以在lst文件里面发现H键

8画椭球图用哪个软件好?我用ORTEP时!labels和结构比好大,分子结构较大,拥挤,如何缩小

2对称结构的不是_A就是上标A,没法如!工1A,2A,形式　如何画好一个椭球图,请高手指点!!!

还是用XP画吧！

9cif中显示结构的完整度只有85％，是不是不能发文章，它究竟是怎么计算出来的？

太低了, 在ins中加入omit 继续修吧，最好到95以上

10现在已经有了单晶数据，怎样求分子内任意两个原子之间的空间距离？

做出两个分子,对称或堆积用link或者join　就ok了

还是不太明白，能不能详细指教？谢谢！我能用link命令把两个原子连起来，但用envi 命令不能显示他们之间的距离啊？（同一个分子内的两个原子间的距离）

唉，我还是喜欢用win版的，直接点一下鼠标，就知道分子内任意两个原子之间的距离了。OSCAIL软件包

用link命令，然后用bang就可以了，终于看懂说明书了！不过还要谢谢各位！

11在ins文件中加入exti指令后精修，却发现结果该值高的异常（达几百至一千多）请问这是什么原因造成的，如何更正

不要做exti嘛，有时候做exti，R会降，但有时候会升高，说明不适合做exti。

12晶体中原子的占位度表示什么意思呀？怎么计算出来的？cif文件里有标示出每个原子的占位度吗？

还有，是不是每个原子的占位度必须是100%？

原子的占有率，你根据这个汉语意思还不知道吗？原子的占有率不一定都是100％，看在什么位置了，跟位置有关，

占有率在res 文件中有

11代表100%，10.5代表50%，10.25代表25%，10.125代表12.5%

跟位置有关，是否构成晶体骨架的原子占位率必须是100%呢？如果晶体中有两种原子占同一个位置，是这两种原子占有率的加和应该是1吗？

跟位置有关，主要是指，在什么样的对称操作上，通常叫做特殊位置，在其他位置的叫一般等效位置，晶体骨架的原子也许刚好在某种对称操作上，比如在2次轴或对称心上，则为0.5，在三次轴上为0.33333或0.66667还可以0.25 0.50 1.0等，如果两个原子占同样的位置，则这两个原子占有率应该等于1（在一般位置时），在FVAR命令行的那个参数后面 添加1.0000，这两个原子的占有率部分分别改为21.0000和-21.0000，这样就可以限制两个原子的占有率为1.0，当然还要用EXYZ这个指令和Eadp这个指令

当然，如果是无序，也可能是占有率不为1.0，看无序的程度了，但总的占有率还是1.0

13请问在数原子个数的时候是不是应该先在Xshell里面grow结构，数完之后然后乘以Z值。谢谢！

你可以在ins文件中加入acta指令，在lst文件中就会给出单胞内各种原子的个数，但前提是你在unit那行给出的原子个数不对，在lst文件中就会给出正确的个数，否则不出现，但也可以通过添加more命令，用不同的参数，具体是多少，我忘记了，比如more 3 ，4，5，6等你试一下

14请教各位前辈、学友：我经常碰到这种情况，就是在给单独的氧原子加完氢后，形成的氢键只有供体却没有受体，这是为什么？应该怎样修正？

我以前替别人检查的时候，也出现这种情况。后来仔细检查他的修正过程时发现是原子定错了，你看看是不是也是这种情况。所以加氢的时候会加错。就出现只有供体没有受体了。

一般是容易出现c原子定为O原子。从键长方面多检查一下。温度因子可能变化不大，因为C和O的原子量接近。

用WINGX->MAPS->Calc-OH找氢，再处理其它问题

15PLATON晶体学工具软件很是有用。建议大家下载它自己检查CIF文件。在我们解的过程中，PLATON就会告诉我们合理性问题，省得少走弯路。解好一个结构，应该说只有通过了CIF检查才算好了！不要等到要投稿才算检查！有时解的过程中独立单元没选好，等于没解，它必须重新得出原子的坐标或利用SGEN处理，重新进行计算相关几何参数！由于原子编号可能变化，图可得重画呢？何必把聊天的时间也搭上啦！大家应该大度地说，只有通过了PLATON检查才算解好一个结构，才算真正合成了一个晶体！

建议下载WINGX免费软件，PLANTON是其中的一功能。网址：http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software

16如果完整度太低，在发表文章时影响是不是很大呀？我有一个的完整度才百分之86左右，是不是不行呀？

一般要求90％以上，如果是用ccd测的，可以再重新还原数据一次看看有没有改善，也可以通过其他非正常手段去提高完整度，比如人为的修改衍射角度，可以唬弄检查（个人不提倡用），衍射点已经就那么多了，对修正没有影响。

completeness? OMIT 0.00 52.00...

171.如何从SMART的Unit Cell Determinsation的输出结果看出试样是属于哪种点阵的？是Primitive的,还是A,B,C,I,F,R的 -->在后面用XPREP确定晶体结构时要选择的

2.Unit Cell Determinsation输出结果中的Orientation Matrix是不是

S11　S12　S13

S21　S22　S23

S31　S32　S33

看消光，例如：如果是P，则P列衍射收集点为0，或很小

P列是哪一列？如果是A,B,C,I,F,R的，又该怎么识别呢？

我把SMART APEX的User's Manual(5.0) 4-13页中的用SMART>Crystall>Unit Cell对YLID的Least-squares输出结果(Fig. 4-32)打出来，请具体讲讲，好吗？

Orientation Matrix:

-0300199829　0.10665119　0.01465839

0.11306161　-0.02113262　0.03875523

0.12383696　0.02125401　-0.03511810

Lattice Parameters & Standard deviations:

5.9631　9.0267　18.4111　89.980　90.022　90.091　　　991.02

0.0007　0.0031　 0.0042　 0.020　 0.017　 0.020　　　　0.48

Standard deviations corrected for GOF:
5 G5 @5 v% D7 M* c) E* |0.0014　0.0058　 0.0077　 0.037　 0.032　 0.036　　　　0.89

Histograms:

　　　 .00　 .05　 .10　 .15　 .20　 .25　 .30　 .35　 .40　 .45　 +inf

　　H　　 85　　0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　K　　 85　　0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　L　　 83　　2　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

Omega　　 76　　6　　 1　　 0　　 2　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　 0.00　 0.25　0.50　0.75　1.00　1.25　1.50　1.75　2.00　2.25　 +inf

　　X　 48　　 29　　 7　　 1　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0　　 0

　　Y　 63　　 11　　 4　　 4　　 1　　 0　　 0　　 0　　 1　　 1

　　　　　　　 H　　　K　　 L　　 Omega　　　　　　　 X　　　　　Y

在这里是看不到格子类型的，可以在.P4P文件中看到格子类型

18一个化合中有Cu-C=-N 但是选择高对称性的空间群后发现Cu上只有一个原子C或者是N请问怎么把它修成氰根呢 不胜感激！

建议你这样试试：

加入开始的C或N的坐标是
7 ?# c, r+ C7 J- B  xC1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　11.00000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

你将其改为

C1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　10.50000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

N1　　1　 0.32017　 0.35605　-0.20524　10.50000　 0.08780　 0.06013 =

　　　 0.09611　-0.02732　 0.01171　-0.01502

然后在PLAN 20 后加上

PLAN 20

EXYZ　 C1 N1

EADP　 C1 N1

c1　　　　10.50000

n1　　　　10.50000 好象不太对吧 又不是在二次轴上

没错，10.500表示这个位置上N和C可能出现的机会都是0.5。

我上面只写了C的处理，原先的N也要按照相同的方法处理。

19我见到前篇您关于测量晶体两个面间的距离问题的回复，“两个平面之间的距离是由两个平面的平面方程计算的，不是两个平面原子的距离，这两个平面方程可以由SHELEXS来计算或者用XP来计算。“请您详细说明一下SHELEXS来计算或者用XP来计算的步骤好吗？谢！

在XP窗下，用MPLN命令可以得到一个平面方程，例如MPLN C1 C3 C5，再算另一个时，给出与上一个的夹角。

MPLN命令能给出两个平面的夹角，但平面距离呢？

既然有夹角，谈何距离呢？

既然有夹角当然不平行了，所以两面之间距离为0

这个说法是不正确的，所谓两个平面不平行，其距离为0只是数学上的概念，它们的平面为无限的，而我们讨论的平面是有限的，可以说两个平面之间的距离不存在，但是，建议采用一个平面的中心到另外一个平面的距离代替平面间距离。

20测晶体结构的老师给我的Rint为0,但杂志社说不能为0,我问了那个老师他说程序算出来就是0,这怎么办？望帮助，谢谢

我也碰到过这种情况, 提交修改稿的时候解释一下应该没什么问题吧

这是因为你测试完晶体以后，把数据都merg了。当解结构的时候，程序会认为此时的Rint＝0。如果是有心空间群，这样合并无所谓，如果是无心空间群，则不合适了。衍射点会比根据对称性计算的衍射点少。一般是IP面探会出现这种情况（实际上可以通过设置，让还原程序不merg原始数据，这样就不会出现上面的情况）。如果是IP测的晶体，在配置文件texray里面可以找到实际的Rint是多少，注意这里的rint是按照百分数给出的，也就是乘以100以后的值，实际需要的是应该除以100以后的值。如果是CCD测的都就不会有这样的情况。

楼上的兄弟说的很专业,确实,我以前收的那个就是IP收的数据.

我想问一下兄弟,在texray文件里找到了不是0的Rint值之后怎么办? 直接去改掉cif里的那个值吗,直接改? 不妥吧!!

如果是用CAD测的，Rint=0，又是怎么回事？如何改？望各位赐教

rint＝0，这说明衍射点被合并了，简单来说，这本来是解结构的程序来做的事情，被还原程序提前给做了，如果是有心空间群，直接在cif中修改，没有什么影响，如果是无心的空间群这样就不合适，只能作为权宜之计，因为你的衍射点数目肯定小于根据对称性计算的衍射点数目。严格来讲，应该重新收集数据，不合并衍射点，但对于一般的不是单纯搞结晶学的来说的，衍射点少一点也就少一点了。只要解结构时，衍射点的数目不小于参数的8倍也可以。这是个人见解，也可能不合适，见谅。

21我有一个晶体结构，其中的一个碳原子温度影响参数达到了0.186，导致它与周围原子之间的键长有些偏差C—C仅为1.32，而且画出的晶体图中这个原子也显得比其他原子打了很多，（体积有三倍大）。其他们什么问题，GOF和R1 也到比较理想。请问，这在发文章的时候会不会受影响？如果需要特殊的精修方法，该怎么办？

温度因子太大在发表文章时审者是会提出质疑的，一般有可能是您的原子命名有问题（有时可能是其它原子命名的问题），还有就是在该原子位置有无序的情况也会出现温度因子偏大。

22platon 在检查CIF 文件，特别是空间群是否定错了，计算空洞的大小等非常好用。但是很多人不会安装，我琢磨了一个多小时，现把具体方法告诉大家。

软件的下载地址大家应该清楚了，不用讲了，

1，先安装PWT软件

2，把PLATON 文件里的全部文件复制到PWT安装的路径文件中，选择覆盖全部文件。

3， 点击PWT.EXE 就可以看到体格WIN 界面了

4，选择打开数据文件，一般打开CIF文件，后面的事情你要检查什么都可以了。

大家试试了，再使用过程中有什么好的思路，欢迎交流指点。

其实，下载WINGX更好用。它不仅包含PLATON，还有SHELX，Validate Cif, SXGRAPH, ORTEP,CAMERON等界面，对小分子非常好用。可以边解结构，边检查合理性。

23请问各位老师，两苯环平行，间距3.52；质心距4.67。这个夹角大约40度。可以算作pi－stacking吗？

距离好像要小于3.35

有弱作用，角度最好在20度左右最好

非经电的Pi－Pi作用，你最好检查最近的碳原子同苯环的距离。此外，你的结构好像存在

C-H...Pi作用。

24各位大侠，在解析结构时，配位水能不能质子化。我想在六水合铜的一个水分子上加一个氢原子，不知是否合理。因为我的电荷不能平衡，缺少一个正电荷。

配位水质子化一般不太可能，因为如果带电荷的化，有可能不是配位水了，电荷排斥，也许不是配位水，是个羟基也有可能啊，看你合成的条件了，另外，也可能是Cu有变价。主要看你反应的条件了。或者从其他的方面去平衡电荷。个人认为配位水不太可能带电荷。

25无序分两种：1动态的无序；2静态的无序

第一种好理解，where one atom occupies more than a single site；第二种指the same site in two unit cells is occupied by different types of atoms。

无序的精修，需使用一些技巧。

So, what is displacement? They are the same thing?

I am solving some single crystal structures, which Ba2+ dopes in the site of K+ (less than 10%, statistically).

In shelxtl, I tried the EDAP and EXYZ command,still suffering that. :-(.

displacement应属第二种，不常见，两个命令与此有关，简介如下：

EXYZ followed by a list of atom names forces the named atoms to possess the same coordinates as the first atom of the list. This can be useful for some types of substitutional disorder.

EADP followed by　list of atom names makes the anisotropic displacement parameters of all named atoms equal to those of the first atom in the list.

那你可以告诉我，当溶剂DMF与金属原子配位以后，出现的无序该如何解决？

我是新手，请多多指教，还有啊，我用英文表达的不好，只好用母语了，见笑了。

如果是第一种，可以修占有率，还可以进行键长、键角的限制

26请教各位大侠：我的晶体在CHECK时出现Correction for Absorption Required　 RT(exp)，怎么办呢？？

意思大概是要你做吸收校正

吸收校正是不是一定要重新收集数据才能完成啊?不能通过精修完成吗?

还原时要做吸收校正, 不必每次都重收数据.校正后的数据会好很多. 也有个别晶体需要重做, 我还碰到过校正不好的情况

27解结构时修正单元中有很多结晶水,这些水的氧原子温度因子很大,没有吧,残留峰很大,怎样修正水的占有率,溶剂水的氢傅立叶算不出来,怎样加上?急需!!

放开水的占有率为1.00000,修四轮后程序会自动给出水的占有率。

28解好的晶体结构cif，不知道（或没有查到）已经是被人发表了，我邮寄给ccdc或icsd数据库进行deposit时，他会不会仍然接受？他们在deposit是要不要查新？我如果投的话，他还会给我一个号吗？

同时如果我deposit一个新的晶体cif，那我发文章是否有时间限制？

那位大侠知道，请指点！！！

一定要先查是不是有人发表了,再邮寄给Ccdc或icsd. 邮寄时要注明将发表在那种杂志上,时间上好像没有限制.

deposit一个新的晶体cif，那发文章是有时间限制的, 一般为3年.到期后会有一个询问处置方法的信.

29我合成的单晶易吸水，测定时需封在毛细管中，请问在哪儿可以买到直径0.5 mm 的单晶测试用毛细管？请教经销商的联系方式和大至价格。谢谢。

不要买了，随便一个毛细管，自己把两个口一封就行了，给里面记着来些母液，我就这样做的。

普通玻璃的毛细管有吸收，会影响测试，最好用石英的毛细管！

30请教各位大侠:有时候溶剂分子的热参数较高，比如要有15－25之间，有没有必要将该溶剂分子修为半个，或者修成合理的个数直到其热参数合理？那么一般溶剂的热参数多大时才为合理呢？？谢谢啦

0.15到0.25其实还好,如果溶剂分子在孔里面,若参数是会大一些.

31向各位请教 编辑说我的图形分辨率低 有锯齿 可是我的图形是用XP画的 转换成PDF后贴上去的 我该怎么办呢 急啊 哪位高手知道务必帮忙， 不胜感激！

你的文件世HGL的格式吗? 可以试试EPS格式

我的文件就是用XP生成的PS格式，然后转化成pdf格式，请教还有其他什么方法

用CorelDraw修改后，可以导出为各种格式，包括EPS，GIF，JPG，TIFF等，很清晰的

安装HGL格式的插件，就可以在word里直接插入HGL图像了。HGL格式是矢量图像格式，绝对清晰，如果编辑部需要图片的源文件，直接给ps就可以了！

可以把PDF中的图片复制到PHOTOSHOP中，先复制，然后在PHOTOSHOP中新建一个文件，这时可以选择图片大小和分辨率，大小不用改就是你刚才复制的那张图片的大小，只要改一下分辨率就好，默认的好像是72，我一般改成300，你试一下！

请大家注意，晶体学的图形尽量用矢量图，因此不要在Photoshop，ACDsee这些软件里转换，要习惯使用CorelDraw，Freehand，illstrate等矢量软件，导入hgl图形，编辑后再存为需要的格式。当然安装office的hpgl插件是最佳方案，但是这需要事先在XP里面把图形处理好。如果图形产生后需要进行一些编辑，比如删除一些原子，或者加一些箭头等则建议使用矢量绘图软件。

32验证CIF 有个错误Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.哪位大侠知道怎么解释这个啊，重心怎么会不在晶包里？

好像在ins里加平移指令重新产生cif就能解决

33我的结构中有氢键，但是不知道怎样画出来和怎样列出氢健的表格，请各位大牛帮忙，急等着发文毕业呀！

要在cif文件中列出氢键是比较容易的，步骤如下：

1. 首先在*.ins文件中加入HTAB 2.3的指令精修一次，然后查看产生的*.lst文件中相关氢键的部分。

2.从*.lst其中找出对称码，在ins文件中加入相应的指令

如EQIV $1 1-x,1/2+y,1-z...

再找出相应当氢键

删除HTAB 2.3的指令，加入每个氢键的指令

如HTAB O2 O3

HTAB O1 N2_$1　注对称码要写正确，不是对称操作产生的原子不要写对称码...

然后精修就可以在cif文件的最后中产生氢键列表。

如果只要看一下氢键，可以直接用platon检查一下，即可得出氢键。

xp下面话氢键有点麻烦，建议还是换用其他软吧！

34下了个WinGX结果点wingx32总是进不去，我down了license文件了？我的操作系统，WinXP。另外，我想问SHELTXL和WinGX解单晶哪个更好，SHELTXL解出的单晶结果怎样检验正确性

你要设置环境变量，具体方法软件会提示你到相关网站查。

个人觉得还是shelxtl更好用点，正确性主要看 r和 wr 和s值

其他的建议参看 单晶结构分析 原理与实践 陈小明主编，非常好的一本解单晶的实用书籍

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我安装的WinGX也是无法通过license，请高手指教！to 楼主：我也用的shelxtl，但是听说WinGX是个综合的平台，包含了shelxtl ，另外还有platon 等等。

环境变量有两个，一个是WINGXDIR，一个是PGFONT，都要设置的，然后把获得的那个license拷到wingx目录下，完全可以的。WINGX确实是个综合平台，包括的是SHELX，而不是SHELXTL，这是两个不同的概念，SHELXTL里面有XP，是商业软件，而SHELX可以免费获得，没有XP，不能画图。

35解一晶体，checkcif发现有290A3的自由体积，解释为可能有溶剂，可是再找峰时没有发现有游离峰，用platon检查空间群也没错，数据修的也还行啊。请各位高手指教！

这个问题我也遇到，不知如何解决，platon解释有两种原因，一为含有溶剂分子，没有解析出来，另外一个原因就是你的化合物的分子间的作用，如氢键，堆积作用等比较强烈，比较多。

可能是空洞中还有水分子找不到的原因。建议你做一个热重实验验证水分子的存在。

36我也不清楚各位是如何画图的，但是按理说在XP里画的图绝对清晰，够用的。我一直用的是ps格式的。画图时，首先自动生成一个plt格式的文件，然后采用draw命令，再选择A，输出为ps格式，很清晰的，ps格式可以用adobe distriller转为pdf格式的，但是不推荐这种方法，个人建议在论坛下载一个ps文件浏览器，就是gsview，它要和Ghostscript配合使用，就是说两个软件都要安装的。很好用的，可能下载的版本打开文件时每次都有个对话框提示注册，但是不注册照样可以用的。强烈推荐用gsview打开ps文件，如果修改，那就用coreldraw修改，它可以输出为各种格式的，包括eps，png，gif，jpg等等，很清晰的。其实也可以下载gassian viewer，它也可以打开的。

谢谢老师啊，我也一直用的PS，然后转化为PDF，然后拷入Chemdraw, 输出tiff.不知道您所说的gsview和Ghostscript跟上面的方法比有什么优点阿？感觉操作还是有点麻烦啊!

37发在晶体学E的结构，Rint＝0.000，编辑让解释一下。这东西怎么解释啊。各位多帮忙！！

这个问题一般是由于数据合并时产生的，您可以在一个*.abs的文件中来查到R（int）值。

我们做过scale后产生了一个R值

38要判断两个平行的芳环间有无pai-pai作用．

最重要是找出这两个平面的距离．

一般情况下只要在xp中使用

mpln atom1 atom2 atom3 atom4 atom5 ...

这个命令就可以．程序会给出这几个原子所构成的平面方程．这是个归一化方程．

接着，mpln atom1＇ atom2＇ atom3＇ atom4＇ atom5＇ ...，

程序会给出第二个归一化方程．这两个方程中等号右边的两个数值之差就是所求的两个平面的距离．如果两个平面有夹角，使用上述方法就不太合适了．此时，应求一个平面的中心到另一个平面的垂直距离．

首先，cent/x　atom1 atom2 atom3 atom4 atom5 ..

谢谢分享，顶起